Die Don-Bosco-Schule steht im regelmäßigen Austausch mit ihren Partnerschulen in ganz Deutschland. Neben der regionalen Zusammenarbeit mit der "Bodelschwingh-Schule Soest" im Rahmen des Schwimmfestes bietet auch die überregionale Kooperation mit der Erfurter Schule "Am Zoopark" viele Möglichkeiten zum Austausch. Gemeinsame Fortbildungen des Lehrerkollegiums, gegenseitige Besuche im Rahmen von Klassenfahrten, die Teilnahme einer Erfurter Gruppe am Lippstädter Schwimmfest und die gemeinsame Skifreizeit mit anschließendem Wettbewerb um den Wanderpokal sind nur eine Auswahl der bisher stattgefundenen gemeinschaftlichen Aktivitäten.

Seit einigen Jahren besteht eine enge Kooperation mit dem Gymnasium Johanneum in Wadersloh. In verschiedenen künstlerischen Projekten erarbeiten Schülerinnen und Schüler beider Schülern an unterschiedlichen Schwerpunkten. In einer Kooperationsvereinbarung haben beide Schulen diese Form der Zusammenarbeit dokumentiert.

Die Don-Bosco-Schule bildet mit sechs weiterführenden Schulen im Kreis Soest eine Arbeitsgemeinschaft der Europaschulen. Dazu gehören das Aldegrever-Gymnasium in Soest, das Europa-Gymnasium in Warstein, das Ostendorf-Gymnasium in Lippstadt und das Lippe-Berufskolleg (Lippstadt) und das Hubertus-Schwartz-Berufskolleg (Soest). Ziel dieser Arbeitsgemeinschaft ist die gemeinsame Durchführung von Aktionen am Europatag (9. Mai).